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行業動態 行業動態

基因組大數據、生物質譜等將為生物醫學帶來新機遇

2015-08-18 作者: 瀏覽數(shu):608

  云計算(suan)正在成為生(sheng)物(wu)醫學(xue)界(jie)的(de)“寵兒”。——8月14日(ri),北京貝(bei)瑞和康生(sheng)物(wu)技(ji)術(shu)有限(xian)公(gong)司與阿里云共同(tong)向外界(jie)宣布雙方(fang)達成合作,共同(tong)打造以海量(liang)的(de)中國人(ren)群基因組數據(ju)為核心的(de)數據(ju)云,實現對(dui)個(ge)人(ren)基因組數據(ju)的(de)精準解讀(du)。

  此次(ci),雙方共(gong)同合作的(de)“神(shen)州基因組數(shu)(shu)據云項目”將首先聚焦(jiao)于(yu)基因組大數(shu)(shu)據在云平(ping)臺(tai)上的(de)批(pi)量計(ji)算、分析、存(cun)儲,進(jin)而在基因大數(shu)(shu)據領(ling)域共(gong)同進(jin)行前沿探(tan)索。

  “打造基(ji)因(yin)組(zu)大(da)數據(ju),相當于(yu)(yu)(yu)建(jian)立(li)了一個中國人(ren)基(ji)因(yin)版的(de)(de)(de)《本(ben)草綱目》,將(jiang)記載中國人(ren)群(qun)(qun)最核心的(de)(de)(de)基(ji)因(yin)信息(xi)(xi)、生命信息(xi)(xi),為中國人(ren)群(qun)(qun)重大(da)疾(ji)病的(de)(de)(de)預(yu)測、預(yu)防、診(zhen)斷和(he)治療奠(dian)定(ding)基(ji)礎。它的(de)(de)(de)意義(yi)將(jiang)不亞于(yu)(yu)(yu)《本(ben)草綱目》這(zhe)部(bu)東(dong)方醫藥巨典。”貝瑞和(he)康首(shou)席(xi)生物信息(xi)(xi)官于(yu)(yu)(yu)福利(li)博士說。

  中(zhong)國是世界出(chu)生(sheng)缺陷率最高(gao)發(fa)地區之一(yi)。每年1600萬至(zhi)(zhi)2000萬的(de)出(chu)生(sheng)人(ren)口中(zhong),有80萬至(zhi)(zhi)120萬出(chu)生(sheng)缺陷兒(er)。1996年到2010年,中(zhong)國新生(sheng)兒(er)出(chu)生(sheng)缺陷發(fa)生(sheng)率增幅達70.9%,每一(yi)萬名新生(sheng)兒(er)中(zhong)就有149.9人(ren)患有先天性缺陷。

  這(zhe)一不利的局(ju)面(mian)將(jiang)隨著(zhu)“神州(zhou)基(ji)(ji)因(yin)組數據(ju)云”項目的實現(xian)得(de)到改(gai)觀。據(ju)了解,貝瑞和康自主構建的中國(guo)人群(qun)基(ji)(ji)因(yin)組大(da)數據(ju)庫目前已包含超過(guo)四十(shi)萬份基(ji)(ji)因(yin)組數據(ju)。通過(guo)對該數據(ju)資源的深入挖掘,能(neng)夠進一步揭示中國(guo)人群(qun)遺(yi)傳突變分布,這(zhe)將(jiang)極大(da)助益(yi)于提升中國(guo)人遺(yi)傳疾病(bing)診斷的效率和精準程度。

  貝瑞(rui)和康作為國際領先的基(ji)因測序技術臨床(chuang)轉化服務商,致力于為臨床(chuang)醫學疾病篩查和診斷提供“無創式”整體解(jie)決方(fang)案(an),是無創DNA產前檢(jian)測和針對(dui)腫瘤(liu)循環DNA的腫瘤(liu)個(ge)體化醫療基(ji)因檢(jian)測的行業領導者。

  基(ji)(ji)因測(ce)序是一種新型基(ji)(ji)因檢測(ce)技術,能(neng)夠從(cong)血(xue)液(ye)或唾液(ye)中分析(xi)測(ce)定基(ji)(ji)因全(quan)序列,預(yu)測(ce)罹(li)患多種罕(han)見疾病的可(ke)能(neng)性,如地中海貧血(xue)病。

  業(ye)內人士指出,隨著下一代(dai)基因測(ce)序(xu)、生物(wu)質(zhi)譜和醫(yi)(yi)(yi)學(xue)成(cheng)像等醫(yi)(yi)(yi)學(xue)技(ji)術的(de)(de)(de)迅猛發展,大(da)數(shu)(shu)據(ju)浪(lang)潮為生物(wu)醫(yi)(yi)(yi)學(xue)帶來了前(qian)所未有的(de)(de)(de)機遇(yu),將(jiang)根本性(xing)的(de)(de)(de)改變生物(wu)醫(yi)(yi)(yi)學(xue)基礎研(yan)究和醫(yi)(yi)(yi)療實踐,但同時(shi)生物(wu)醫(yi)(yi)(yi)學(xue)領(ling)域數(shu)(shu)據(ju)爆炸式的(de)(de)(de)增長也對海量(liang)數(shu)(shu)據(ju)的(de)(de)(de)存儲(chu)和分析提出新(xin)的(de)(de)(de)挑(tiao)戰。云(yun)計(ji)(ji)算將(jiang)大(da)量(liang)計(ji)(ji)算資(zi)源(yuan)、存儲(chu)資(zi)源(yuan)和軟件資(zi)源(yuan)虛擬化(hua),形(xing)成(cheng)規(gui)模龐大(da)的(de)(de)(de)共享資(zi)源(yuan)池,可以有效解決生物(wu)醫(yi)(yi)(yi)學(xue)對IT資(zi)源(yuan)的(de)(de)(de)彈性(xing)需求(qiu)。

  目前,新一(yi)(yi)代基(ji)(ji)因(yin)測(ce)序技術要得到比較準(zhun)確(que)的(de)(de)(de)信(xin)息,一(yi)(yi)般認為(wei)30X 的(de)(de)(de)基(ji)(ji)因(yin)測(ce)序深(shen)度(du)是必須(xu)的(de)(de)(de),所以一(yi)(yi)個人的(de)(de)(de)基(ji)(ji)因(yin)組檢測(ce)大約需要產生(sheng) 90Gb 的(de)(de)(de)數據。如(ru)此大的(de)(de)(de)數據,在一(yi)(yi)般的(de)(de)(de)電(dian)腦或小型服務(wu)器(qi)上(shang)運行起來非(fei)常困(kun)難。

  阿里(li)云是(shi)全(quan)球領先的云計(ji)算(suan)服務(wu)平臺。客戶通過阿里(li)云,用互聯(lian)網的方(fang)式即可(ke)遠程獲取海量(liang)計(ji)算(suan)、存儲資(zi)源(yuan)和大數據處理(li)能力(li)。根據IDC調研(yan)報告,阿里(li)云是(shi)國內最大的公共云計(ji)算(suan)服務(wu)提供商(shang)。

   此次,阿里云(yun)與貝瑞和康達成合作,正(zheng)是基于阿里云(yun)批量(liang)計算服務的強大能力,利用云(yun)計算的優勢降(jiang)低成本,提高數(shu)據分析的速度(du)。

  阿里云批(pi)量計(ji)算服(fu)務是一種(zhong)適(shi)用于大規模并行批(pi)處(chu)理作業(ye)的(de)分(fen)布式云服(fu)務,適(shi)用于生物基(ji)因分(fen)析、渲(xuan)染、多媒體轉碼、科(ke)學計(ji)算、金融(rong)保險分(fen)析等(deng)多個行業(ye)領(ling)域。

  阿里(li)云(yun)高級專(zhuan)家林河山(shan)介紹(shao)說,“借助批量計(ji)(ji)算(suan)(suan)(suan)服務(wu),用(yong)戶可(ke)以(yi)調動(dong)海量計(ji)(ji)算(suan)(suan)(suan)資源(yuan)快速(su)完成基(ji)因(yin)大數據(ju)的處理(li)。批量計(ji)(ji)算(suan)(suan)(suan)服務(wu)提供簡(jian)單易用(yong)的API,允許用(yong)戶通過有向無環圖的方式靈活(huo)組(zu)建工作流,計(ji)(ji)算(suan)(suan)(suan)資源(yuan)管理(li)、作業調度(du)和數據(ju)分發由系統自動(dong)完成。同時,批量計(ji)(ji)算(suan)(suan)(suan)服務(wu)支持自定義鏡像,并允許應(ying)用(yong)通過網(wang)絡文件(jian)系統(NFS)協議高效訪問阿里(li)云(yun)對(dui)象存儲(chu)(OSS)上(shang)的數據(ju),使得(de)用(yong)戶原有分析(xi)流程可(ke)以(yi)輕松上(shang)云(yun)。結(jie)合阿里(li)云(yun)對(dui)象存儲(chu),批量計(ji)(ji)算(suan)(suan)(suan)服務(wu)能夠幫(bang)助生(sheng)物信息(xi)分析(xi)專(zhuan)家在云(yun)上(shang)快速(su)構建大規模基(ji)因(yin)組(zu)學應(ying)用(yong)。”

  他進一步(bu)說,“此次與貝瑞(rui)和康的合作,阿里(li)云(yun)將不斷優(you)化(hua)基于基因組學的云(yun)解決方(fang)案,以契合醫學時(shi)代(dai)發展(zhan)的需求(qiu)。”

  業內專(zhuan)家預(yu)計,雙方(fang)合作完成的(de)(de)基因組數(shu)據云將對中國(guo)臨床醫學(xue)的(de)(de)精(jing)準(zhun)診斷,預(yu)防和治療的(de)(de)發(fa)展產生深(shen)遠(yuan)的(de)(de)推動(dong)力(li)。

  無疑,借助阿(a)里云(yun)的(de)(de)批(pi)量計算(suan)服務,用戶將更便捷、更簡單(dan)、更迅速完成(cheng)基因(yin)大(da)(da)數據計算(suan),大(da)(da)大(da)(da)降低客(ke)戶的(de)(de)成(cheng)本。同樣,因(yin)為云(yun)計算(suan)的(de)(de)賦能,為研究(jiu)人員開展大(da)(da)規模的(de)(de)基因(yin)組(zu)學研究(jiu)大(da)(da)開“方便之門”,將催生一批(pi)影(ying)響人類(lei)健(jian)康(kang)相關的(de)(de)變革性(xing)成(cheng)果。

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